「ファイル‐開く」のダイアログを開き、何かファイルを選択するか打ち込むかしてファイル名蘭に文字列がある状態で、
左側のフォルダツリーからカレントとは違うフォルダを選択すると、
そのフォルダにファイル名蘭のファイルが存在しない場合に、
「開く」をしていないのに「このファイルは存在しません。作成しますか?」とダイアログが出ます。
環境は EmEditor Professional (64-bit) v14.9.0 beta 2 on Windows 8.1 64bit です。
この beta 以前から発生していました。