開発お疲れさまです。
拡張子ごとの表示設定をコピーしたり、新規登録したりして、関連付けられた拡張子が重なったとき挙動についてです。
とくにコピーしたときに、今の拡張子は不要で別の拡張子を登録したいと思っても、いったん有効にしてそれぞれについてYes/Noを選び、削除せねばなりません。
ここで選択を間違えると、元にした設定まで直す必要がでてきます。
例えば、重なったものについてはラジオボタンつきの一覧を作成し、それぞれ選択してOKボタンで確定できれば…と感じます。
現状の動きを残すとしても、「この関連付けを無効にしますか?」の「この」が、新旧どちらのことだろうかと不明瞭に感じますので、例えば「(新しい名前)に関連付けますか?」のほうが良いと思います。