現状では、レジストリの保存先は HKLM/HKCRSoftwareEmSoftEmEditor v3 となっていますが、現バージョンは 3 ではないですし、組織名も Emurasoft, Inc. で統一されているようですので、HKLM/HKCRSoftwareEmurasoft, Inc.EmEditor か HKLM/HKCRSoftwareEmurasoftEmEditor とした方がいいと思います。
あと、プラグインの設定が EmEditorPlugIns となっているのは意図があるのでしょうか (他バージョンの共存?)。EmEditorPlugIns でいいと思うのですが…。