開発お疲れ様です。
EmEditor Professional v14.0.0 64bit/32bitポータブル を
Win8.1 Pro 64bit で使ってて不具合と思われる挙動があります。
まず、タブのカスタマイズで、
タブのスタイル ボタン
タブの閉じるボタン ウィンドウの右端
にします。
プラグインの設定か、外部ツールの設定を開き、OKを押して閉じると、
タブの閉じるボタンが、右端から消え左端に出現し、左端のタブに重なって表示されます。
ウィンドウのサイズを変えると、元の右端に戻ります。
では、確認お願いします。