[arere]

同じくVistaにて黑バックにしていますが、キャレットは表示されてます。
(但しx64環境)

キャレットが表示されないととても使いづらいですし、黑バックを好む人が明るい背景色というのも辛いでしょうね。

取り敢えず原因が掴めるまでの間、設定プロパティのスクロールタブにある垂直罫線と水平罫線にチェックを入れてキャレット位置にクロス罫線を表示させてみるのは如何でしょうか。
ちなみに私の常用設定です。