[yunoki]

柚木です。
Perlプログラマです。

私も以前、同じ悩みがありましたが、次のようにして対処しています。（殆どの場合、解決できています）

・行コメントとして、#と半角スペースを設定する
・コメントを記述する際は# の後に必ずスペースを入れる

ソースとしても読みやすくなりますし、色化けもなくなりました。