[snow]

なるほど、文字通りの意味でしたか。

私もATOK利用ですが、（qtvさんと同じく）EmEditorだけが勝手にMS-IMEに変わるということはありません。
初期状態では、ctrl+shiftによって切り替わってしまうことがありますが、これはEmEditorとは無関係なWindowsの機能ですし…。
（コントロールパネル→地域と言語のオプション→言語タブ→詳細→キーの設定→詳細なキー設定、のあたり）