[qtv]

私もATOKを使用していますが，EmEditorだけMS-IMEへ変更される，ということはありません(上記の「IME」は「MS-IME」のことですよね？)．

とりあえず，MS-IMEの削除をしてみるといかがでしょうか．
(削除済みだったらすみません．)