[snow]

「何かのタイミング」というのがEmEditor起動時ではなく、入力時であるなら、この可能性があると思ったのです。
ctrl+shiftというのは、そのつもりでなくても、たまに押してしまうキーのようで、私も以前これではまりました。

そこで、前掲の設定で入力言語の切り替えキーを「なし」に設定しました。
検索してみると、同じような経験をした人がかなり多いようです。