ご返答有難う御座います。
私もEmFTPのほうの問題かと思ったのですが、EmEditorをバージョンアップするまでなかった現象だったのでこちらに書かせて頂きました。
>FTP の接続が切断されてしまい、保存してもサーバー側に反映されない可能性があります。
FTPの接続が切れていないときに発生しています
>保存できないとき、EmFTP 側で転送の表示が出るでしょうか? エラー表示が出ないでしょうか?
ローカルのファイル（Tempディレクトリに作成される一時ファイル）は保存されているのですが、それがリモートに反映されていません。保存されていないときはEmFTP側の転送のウインドウ（プログレスバーがついているエラーメッセージなどが表示されるもの）が表示されません。