開発お疲れ様です。
EmEditor Professional v13 ベータ 3 (v12.9.2)を
Win7 Home SP1 64bit で使っていて不具合があります。
ファイルを複数開き比較すると、比較対象の片方が別ウィンドウに表示されますが、
この時、タブをＤ＆Ｄして、もう片方のウィンドウへ移動させ、Ｄ＆Ｄ元のウィンドウがなくなった時、
移動させたタブの編集領域に何も表示されなくなります。
文書だけでなく、行番号・ルーラー・罫線なども含め何も、です。
編集領域をクリックすればカーソル（キャレット）は表示されるようになります。
表示が消えてるだけで文書は残っていますが、編集することができ、
書き込みや削除しながらカーソルが他の行へ行くと再度表示されるようになります。
（単にカーソルキーで移動/スクロールさせるだけではダメみたいです。）
では確認お願いします。
追記：タブ無効で比較して、比較中にタブ有効に切り替えても、似たような状態になります。