開発お疲れ様です。
・検索バーが表示される
ツール＞マーカーのカスタマイズ
でカスタマイズの画面に入り、キャンセルをクリックして抜けると、それまでは表示されていなかった検索バーが表示されました。
同様の現象が発生しますでしょうか？
・マーカーに追加の動作について
qtvさんが挙げてらっしゃった
『マーカーに追加するたびに色を自動的にインクリメントする機能』
と似た要望なのですが、
『色を指定してマーカーに追加』
のような項目も用意していただけると、追加後に色の設定を変更する手間が減り便利な気がするのですが、いかがでしょうか？
（実際にやるかどうかまだわかりませんが
登録したテキストを分類する場合、登録時に色を選べるのが一番楽かな、と思いました）
使用環境
Windows XP HomeEdition Version 2002 Service Pack 3