・不具合なのか以前からの仕様なのかわかりませんが、「表示」メニューから表示項目を変更(例えば行番号表示)すると、現在のプロパティの設定も変更されています。
メニューからの変更は一時的なもので、プロパティへの反映は別と思っていたのですが、いかがでしょうか？
・ウィンドウ機能の「次の文書」ですが、カスタマイズで「次の文書で最後に使用した文書に切り替える」にチェックをした場合、「次の文書」→「次の文書」としても同じ文書に戻りません(次、とした場合には、現在の文書が最後に使用した文書になるはずです)。
・ウィンドウ機能の「右の文書」「左の文書」では、最後の文書や最初の文書の次は最初の文書や最後の文書に切り替わります。これは仕様でしょうか。仕様であれば、いつかは文書がループしないようなオプションがほしいところです。
・カスタムバーがアクティブになった場合、「次のペインあるいはカスタムバー」がキーボードから動作しないようでした(プラグインでのキーアサインはされていないようです)。
・カスタムバーがアクティブなとき、「次のペイン」とすると次のカスタムバーがアクティブになるように見えます。もう一度「次のペイン」とすると、ペインがアクティブになりました。
・「次のペインあるいはカスタムバー」での「次」はどういう順序でアクティブになるのでしょうか。