いつもお世話になります。
開発お疲れ様です。
■２つの文章を比較後、再スキャンを行うと、自動的にタブモードに戻ってしまいます。戻ったあとの一方は、比較のアイコンがあり、ほう一方はアイコンがありません。アイコンがある方のファイルを選択し、比較を行うと「この操作は異なるプロセス上のEmEditorウィンドウ間ではサポートされていません。」というエラーが表示されます。（再スキャンではなにもおきません。またアイコンがない方で比較や再スキャンを行っても何もおきません。）エラー後はアイコンもなくなり、再び比較ができます。
おそらく、意図する挙動ではないと思いますのでご確認お願いいたします。もし設定によるものでしたらご教示下さい。
■比較や同期スクロールについての要望をさせてください。
比較や同期スクロールを行っている時に、他に起動しているアプリやフォルダを選択後、EmEditorに戻る場合に比較ファイルのどちらかを選択するだけで、両方のファイルが最前面となるようにできないでしょうか？
現状では、比較後に選択したフォルダ等が表示の邪魔をしてしまうため、両方のファイルを選択しないとならないので、若干煩わしく思いますので、できればご検討していただけないでしょうか？