カット＆ペーストはできているので，ファイルの状態には依存していません．
EmEditorの個人設定をエクスポート後，以前の設定を残さずにアンインストールし，デフォルト設定のままインストールするとできるようになりました．
その後アンインストールし，「x:Program FilesEmEditor」以外の場所にインストールしたのですが，Explorerのコンテキストメニューから「EmEditor」を選択してもエディタが起動しませんでした．
またその状態でエクスポートしていた個人設定を戻すと，やはりマウスによるドラッグ＆ドロップはできなくなっています．
