Yutakaさんは書きました：
背景色が黒だと、どうしてもそのような不自然さが残ってしまうと思います。既定では、ウィンドウのシステムの色を使用するようにし、少し不自然でもカスタマイズしたいという方だけ、カスタマイズ ダイアログの [表示] タブで色を変更できるようにしました (alpha 27)。
そうですか、アイコンの背景色が不自然になる問題は避けられないのですね。
さらに、問題をややこしくしてしまうかもしれないのですが、気付いたことが一つあります。
カスタムバープラグインの配色については、カスタムバーで一括りにするのではなくて、その用途に合わせて考えるのが良いように思いました。
たとえば、アウトラインやアウトプットバーは、エディタ部分と同一の配色であるのが望ましいですし、エクスプローラやプロジェクトはシステムと共通の方が自然であるように思いました。スニペットは…どちらなんでしょうね？(笑)後者になりますかね？