Yutakaさんは書きました：
トレイアイコンの新規作成は、おかしいですね。これは alhpa 27 で修正しました。ご指摘ありがとうございました。
Alpha27 で修正されたことを確認しました。ありがとうございます。
トレイアイコン周りでさらに対応していただけるとありがたいなと思うことがありまして、
トレイアイコンをダブルクリックしたときの挙動や、トレイアイコンメニューの項目に、/act オプションを付けて起動したときと同様な「EmEditorをアクティブにする」を追加していただきたいと思いました。
これが選べると、Windows2000やXPやVistaでもトレイアイコンをWindows7のタスクバー的に使うことができて便利になります。