置換ダイアログの、検索する文字列側にある「＞」と「＝」ですが、１台のＰＣでは正しく表示されていますが、もう１台のＰＣでは「＝」ボタンが「＞」に少し重なって表示されています。
ダイアログのサイズを変更すると、正しく表示されます。
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プロジェクトプラグインですが、「無題プロジェクト」が存在しているときに新規プロジェクトは作成できないという仕様でしょうか？
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プロジェクトプラグインのカスタムバーでディレクトリではなくファイルを指定した状態で右クリックし「既存のファイルの追加」を実行して追加すると、ファイルの下にファイルが追加されたような表示になります。
その状態でEmEditorを終了後に起動すると、ファイルの下に追加したファイルがプロジェクトから消えています。
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私の環境だけかもしれませんが、プロジェクトプラグインの「既存のファイルの追加」動作が遅くなることがあります。
追加後、2秒ほど操作ができません。
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プロジェクトプラグインですが、カスタムバーでの右クリック時、コンテキストメニューの第１階層に「既存のファイルの追加」「アクティブなファイルの追加」があると便利かと思いました。
(アクティブなファイルの追加、はウィンドウアイコンをD&Dすればできますが。)