お世話になります、山田です。
少し前にCtrlキーを押下すると画面がチラつくと質問した者です。
前回より少し調べてみました。
EmEditor自体を随分前のメジャーバージョンから使用している関係で以前のバージョンで使用していた設定をエクスポートしてEmEditorをアンインストール後、新バージョンをインストールし設定をインポートするという手順で何時も行っています。
バージョン５の途中からなのか６の途中からなのか覚えていませんがある時期のバージョンからこの現象が発生しています、前回のご指摘の通りプラグイン未使用の状態にしてみましたが確認出来ています。以前のバージョンの設定ファイルと現在のバージョンの設定ファイルの互換性は無いのでしょうか？
宜しくお願いします。