お疲れ様です．
アンダーバーのごみは，beta 18でも発生しています．
12行程度のテキストで発生しました．カーソル位置は，下の行にある方が発生しやすいようです．
http://homepage1.nifty.com/hueno/software/under_.jpg
わかっているのは，
・ホイール回転で発生
・マウスによるスクロールバーの上下で発生
・スムーススクロールON時に発生
・スタイルは関係がなさそう
・文字がない空行だけでも発生(3行くらいから発生する)
・プラグインを全部外したが，発生する
というところです．
ハードウェアに依存する現象なのかもしれませんね．
よろしくお願いします．