返事ありがとうございます。
言語バーについては、以前から、MS-IME でも、ほかのアプリケーションでも、時々表示されない問題が起こることがありますが、これはよく原因がわからないのですが、一部 Windows の問題だと考えています。
これは知ってますし、今回の問題はこれとは違います。
EmEditorを起動してすぐの問題です。
言語バーとパレットとは若干違います。
http://www.k-support.gr.jp/at15-room/atok-4.html
こちらに例がありますが、言語バーはOSの機能でパレットはAtokの機能と見ていいと思います。
Atok2010までは通常パレットが標準インストールでデフォルトの設定だったのですが2011からは言語バーがインストール時のデフォルトに変わったのです。
それで言語バーではなく、パレット表示させるために
http://support.justsystems.com/faq/1032/app/servlet/qadoc?QID=049129
↓
http://support.justsystems.com/faq/1032/app/servlet/qadoc?QID=049540
この手順でAtokパレットを表示させたあと、『半角/全角』のボタンを押してパレットをデスクトップ上に表示させたり、消したり出来ます。
Atokパレットはタスクバーから離れたフロートの状態で表示されますが、トレイに格納も可能です。
（私はwin95時代からデスクトップ上にフロート表示させてます）
問題があるのはフロート時です。タスクバーに格納した時は問題ありません。
1）Atok2010ではEmEditorで問題無く表示が出来てたので
Atok2011の言語バーをデフォルトで使う仕様変更があったことから
Atok2011の問題でもある
2）が、同時にEmEditor以外では全く問題無くパレット表示のon/offが出来る
3）EmEditorでは起動直後は『半角/全角』のボタンを押してもパレットが表示できない。しかし「検索」の窓ひらいたり、「ファイルを開く」の窓開いたり「プロパティ」の窓開いたり別途メニューバーから別の窓を開くアクションを起こさないとパレットが表示されない
4）パレットを表示させたあと、以後問題無く動くがEmEditorを非アクティブに切り替えると(別のアプリにタスクを切り替えると）EmEditorにタスクを戻してもパレットがまた表示されなくなる
5）3を繰り返せばまたパレットが表示できる
以上のことからEmEditorでは起動直後の表示に問題があるが、3)の行動をすると表示ができるという不思議な現象なのです。
さらに4)でまた使えなくなり、3)を繰り返すとまた表示される。
EmEditorでパレットの表示ができないだけで日本語入力は出来ますし3の操作が煩わしいですがそれほど大きな問題（？）でもないので一応報告まで。
パレット表示がOKなアプリ(windows7 64bit)
・IE8/互換系ブラウザ
・windows live mail等メーラー
・IRC (lime chat）
・Windows live messenger
・OS標準メモ帳
・その他（今のところEmEditor以外では全く問題ない）