[UMEZOU]

遅くなりましたが、報告させていただきます。

Atok2011 3/3/2011のアップデートで解決しました。

・ATOKパレットを表示する設定に変更したとき、特定のアプリケーション上でATOKパレットが表示されない現象

http://support.justsystems.com/faq/1032/app/servlet/qadoc?QID=049720

これで心おきなくEmEditor使っていけます　 :-)
お騒がせしてすみません。