pinhead 様
いつも EmEditor Professional をお使いいただき、誠にありがとうございます。
EmEditor の最近のバージョンでは、クリップボード履歴を管理しているために起きている現象だと思います。
レジストリエディタで、 HKEY_CURRENT_USERSoftwareemsoftEmEditor v3Common に MaxClipboardHistory という REG_DWORD 値を 0 で設定すれば、クリップボード履歴を使用しなくなります。
お試しいただけると幸いです。
他にも何かご質問がございましたらご遠慮なくご発言ください。
今後もどうぞよろしくお願い申し上げます。