お邪魔します。
私も矩形選択のズレについて要望をだそうかと思っていたのですが、
ちょうどタイムリーなこのスレッドを見つけたので、こちらに便乗させていただきます。
以前、v10β4の時にも一度矩形選択のズレについての要望を出させていただき、
その時に一度調整していただいたおかげか、「ツール」→「設定の選択」で「Text」が
選択されている場合には、快適に選択出来ております。
ですが、「設定の選択」で「Text」以外が選択されている場合には、
やはり矩形選択でズレが発生してしまいます。
（すべて確認したわけではないですが、「Java」や「Bash」では発生していました。）
「Text」の場合フォントは「MSゴシック」が設定されていますが、「Text」以外のものは
「MS P ゴシック」がデフォルトで設定されているので、切替えを行うと文字幅が変わるために
発生しているような気がしています。
ただ、現象の確認のために適当な文字を埋めて実行しても症状が再現されにくいので
実際のソースコードを利用してご確認いただいたほうがいいかもしれません。
可能であるなら上記についての調整もお願いいたします。
ご確認とご検討の程、よろしくお願いいたします。