チェックを外すことで再現しなくなることを確認しました。
[ファイルからの検索]した場合のみ「.」が1行目の「n」をまたいで「line1nline2」にマッチするので結果として1行目が表示されるということですね。
チェックを付けた状態で「.」が改行文字にマッチするかどうかはヘルプの通り下記の挙動でした。
1.[検索]時には[正規表現で検索する追加行数]の値に依存する
2.[ファイルから検索]時には依存しない
3.[ファイルから置換]時には依存する
3つの違い、特に2と3の違いはとても違和感がありますが、仕様ということで挙動は理解できました。
ご回答ありがとうございました。
