開発お疲れ様です。
Yutakaさんは書きました：
EmEditor 標準についている「開いている文書」プラグインでも似たことができると思いますが、 Ctrl + Tab で切り替えたいということですね? Ctrl + Tab で 「開いている文書」プラグインを起動して、さらに続けて Ctrl + Tab を押すことにより、一覧から項目の選択の切り替えができるようになるといいでしょうか?
基本的にはそうですね。
欲しい機能をまとめると
・Ctrl+Tab または Ctrl+Shift+Tab でドキュメント一覧を表示
表示順は、開いた順かアクティブ順かを選べるといいです。（個人的にはアクティブ順なほうが使いやすいです。）
次のドキュメントを選択している。（現在アクティブなドキュメントではなく！）
・ドキュメントの選択
Ctrlを押したままカーソルキー。
Ctrlを押したままTabで次のドキュメント。
Ctrlを押したままShift+Tabで前のドキュメント。
・選択したドキュメントをアクティブにする
Ctrlを離す。
Ctrlを押したままEnterキーを押す。
といったところでしょうか。
ここら辺の挙動は元ネタのVS05/08のIDEナビゲータや、WindowsVistaのAlt+Tabのアプリケーション切り替え機能と同じです。
（とはいえVS08のような縮小画像まではいらないです）
Yutakaさんは書きました：
一覧には文書だけでなく、カスタムバーやアウトプット バーも切り替えられるようにしたほうがいいのでしょうか?
それができるようになるとさらに便利ですね。
元ネタのVS05/08のIDEナビゲータだと、Ctrl+Tabで切り替えるときはそういったドキュメント以外のものは選択状態にならず、カーソルキーを使ったときだけそれらを選択状態にできるようになってるようです。
この機能をつけるなら、一方通行にならないように各カスタムバーがアクティブの時でもCtrl+Tabを押されたら反応するようにしないとですね。
ではお願いします。