松内です。
江村さんがレスした後に、付け加えるのも恐縮ですが・・・;-p
以下の2点が明確になると、もっと解決しやすいんじゃないかと思います。
(1) 手順と再現性
手順はEmEditor起動、OSをsleep、sleep復帰、EmEditorで日本語入力試行
で再現しますか？
それとも他の操作が必要ですか？
# 何かのソフトを起動（あらかじめ起動しておく？）するとか、フォルダを開くとか・・・
再現する場合は、100％ですか？それとも10回に5回とか・・・。
(2) EmEditorの問題かOSの問題か
同じ手順をメモ帳で試してみると、どうなりますか？
# メモ帳でも再現するならEmEditorの問題じゃないから。
あと確認ですけど、「日本語入力が不能になる」って言うのは直接入力しかダメと言う理解であってますか？
日本語入力モードにできるのに入力できないとか、
入力できるけど変換ができないとかではないんですよね？