原因がわかりました！
先のメッセージで「NVIDIA GeForce 9800 GT」と書いて、後で考えてみたら、もしかしたらビデオカードの設定と絡んでいるかなと思って、試しに
nView Desktop Managerを「無効」に設定したら、問題が解消できました。
また、nView Desktop Managerを「有効」に設定しても、「ユーザインターフェース」の「タイトルバーボタン」項目にチェックしない限り、問題はありません。そのなかにある「nView オプション (&P)」「フルデスクトップ最大化 (&L)」「次のディスプレイ (&X)」「タイトル バーに最小化 (&C)」など一項目でもチェックしたら、同じ現象が再現されます。
NVIDIA GeForce 9800 GTのドライバーバージョン：6.14.12.6677
NVIDIA nView Desktop Manager バージョン：135.60
※両方のモニターにアプリケーションウィンドウを送ったりするために、nView Desktop Managerを「有効」にしていますが、EmEditor側で対応策がありませんでしょうか。
よろしくお願いいたします。