ためしてみましたが同じでした。
また他のﾌﾟﾗｸﾞｲﾝ(AlwaysBoxPaste)なども同じ現象になります。
123456######################
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123456を箱形選択し、下の先頭に貼り付け後、
元に戻すを行うと
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貼り付けした部分が元に戻らないです。
挿入は挿入した文が無くなり元に戻るのですが、
上書きは戻りません、一見上書きは元に戻らない
ように見えますが、よく考えると
Editor_OverwriteA/WでもEditor_InsertStringA/W
でもプラグインで処理部分が消えているだけのような
気がします。
Editor_EmptyUndoBuffer（元に戻す、やり直しのバッファを空にします）の関数がありますが、
プラグインで処理した文字は、やり直しのバッファに書かれて
いないか、やり直しのバッファの処理に不具合があるのかも
しれないような気がします。
（追加）
YIReplace などは元にもどりました、何がちがうのだろう？
:-(