obottさんは書きました：
やっぱり巨大なファイルでの確かめは一度たりとも行われていないのですね、、仕方が無いので、、、、
時間が有る時に、再現する単純なデータを作ってみます。
私の理解が悪くて、申し訳ありません。巨大ファイルの場合だけ問題が発生するということを、よく理解しておりませんでした。既定の設定では、[カスタマイズ] の [高度] タブで、[変更されていない行を元のファイルから読む] がチェックされていて、[一時ファイルを使う最小ファイル サイズ] テキスト ボックスに指定するファイル サイズが、300 MB になっています。つまり、300MB 以上の巨大ファイルの場合、ファイルの保存時、変更のある行は、エンコードの変換が行われますが、変更のない行は、エンコードの変換を行わずに保存することによって、速度の向上と使用メモリの削減を行っています。これは、EmEditor の仕様であり、不具合ではありませんが、ファイルを開いたときの警告表示が紛らわしい場合は、表示を見直します。
この度は、obott 様には、何度も書いていただくことになり、ご迷惑をお掛けして申し訳ありませんでした。ご報告をいただき、ありがとうございました。