ご報告ありがとうございました。
教えていただいた文字コードのうち、次の4つは、Shift JIS の範囲
第一バイトが０ｘ８１～０ｘ９Ｆ・０ｘＥ０～０ｘＦＣ
第二バイトが０ｘ４０～０ｘ７Ｅ・０ｘ８０～０ｘＦＣ
にはありますが、Shift JIS -> Unicode -> Shift JIS という変換を行うと、もとの文字に戻らないことがわかりました。
元のSJISコード –> Unicode ———> 変換後のSJISコード
0x8649 ———-> U+30FB ———-> 0x8145
0x86A2 ———-> U+30FB ———-> 0x8145
0xEEEF ———-> U+2170 ———-> 0xFA40
0xEEF0 ———-> U+2171 ———-> 0xFA41
obott さんとの結果と異なるのですが、こちらのテストでは、変換前と変換後の2つのファイルをバイナリで比較すると上の４つの文字が異なっていました。
EmEditor では、Shift JIS のファイルであっても、ファイルを開く時に、すべて Unicode に変換しており、保存時に Unicode から Shift JIS に変換するため、このような変換できない文字を含んでいると、元の文字コードと異なる文字コードになってしまうことがあります。詳しくは、以下のサイトを参照なさってください。
http://support.microsoft.com/kb/170559/ja
４つの文字のうち、上の２つの文字については、このマイクロソフトの説明一覧には含まれていないのですが、これらの文字はどちらも、U+30FB (中点) に変換されていて、対応する Unicode 文字が存在しないことがわかります。おそらく、未定義領域への外字として登録されている文字だと思われます。
以上、ご参考になれば幸いです。