どうやら解決できたようです。
【問題が発生するファイルの種類】
CSS、C++、JavaScript、HTML、Javaの５つを確認しましたが、全てダメでした。
【プロパティの表示タブ】
恐らくほぼ全て変更していると思います（特定困難です）
テーマは EmEditor スタンダード(変更) です。
【設定の定義→すべてリセット】
すべてリセットをした時点で、問題は再現しなくなりました。
また、エクスポートしたレジストリファイルを再度取り込んだところ、
問題が再現せず、きちんと色表示されるようになりました。
ご回答ありがとうございました。
ところで、原因調査のための情報提供等、何か必要でしょうか？