調査ありがとうございます。
私も家ではまだ再現できていません。
関係あるかわかりませんが、普段起こっていて少し変な現象も書いておきます。
・EmEditorを、タスクトレイアイコンのダブルクリックで新規作成するようにしているとき、ダブルクリックでときどき「無題」のタブが２つできている。
・「EmEditorの高速起動」「タスクトレイに表示」にチェックをしていると、
1. EmEditorのウィンドウを閉じ、タスクトレイだけにしておく
2. Windowsのソフトを何か開いておく(エクスプローラなど)
3. タスクトレイのEmEditorアイコンをダブルクリックして新規ファイルを開く
4. 右上の×をクリックしてEmEditorを閉じ、すぐに2で開いているソフトをアクティブにする
5. 少し待つ
とすると、4でアクティブにしたソフトが非アクティブになります。
高速起動のチェックを外すと発生しません。
プロジェクトプラグインのアクティブファイルのみシンボルを表示する機能ですが、
・ファイルを切り替えるたびにツリーが閉じるので、いちいち開かないといけない
・行番号がわからない
・反対側のカスタムバーにOpenDocumentsプラグインを表示させたい
ということでFunctionListを使っています。