柚木です。
興味があったのでこちらでもテストしてみました。
zetajrさんのご指摘の内容が再現しました。
確認した環境
XP MCE SP2
EmEditor Ver 7.00 レジストリを使用
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・例文をドキュメントに貼り付け
・「ー」で検索
・「ー」のみがハイライト（正常）
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・例文をドキュメントに貼り付け
・「ー」を「1」に置換
・「ー」がひとつ置換される（正常）
・置換ボタンを繰り返す（正常）
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・例文をドキュメントに貼り付け
・「ー」を「1」にすべて置換
・「ー」と「―」が混同されて同時に置換（不正）
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