EmEditorは検索でワイルドカードを使うことはできませんが、代わりにより柔軟でさまざまな種類の文字列にマッチできる正規表現を使うことができます。
EmEditorの正規表現の詳細は以下のURLにて説明されています。
http://jp.emeditor.com/help/howto/search/search_regexp_syntax.htm
ワイルドカードにおいて任意の一文字を示す「?」は正規表現では「.」(ピリオド)になり、
ワイルドカードにおける任意の長さの文字列を示す「*」は、正規表現では「.」(ピリオド)の任意回数の繰り返しとなり「.*」となります。
さらに他のルールを組み合わせると様々な文字列にマッチさせることが可能です。
ワイルドカードより、覚えることは増えますが、正規表現に慣れると情報検索の力が一段と高まりますよ。