peko 様
いつも EmEditor Professional をお使いいただき、誠にありがとうございます。
印刷については、逆に反映されないほうがいいというユーザーも多いかと思います。将来のバージョンで、オプションとして反映するかどうかを選択できるようにしたいと思います。
設定の定義毎に反映させるためには、従来からある強調文字列の機能がお使いいただけます (設定のプロパティ – [強調(1)] タブ)。そこで、マーカー機能は、意図的に、アプリケーション全体の設定となっています。マーカーで設定する文字列の一覧を、設定毎の一覧に複写する機能の要望ということであれば、それは検討させていただきます。
どうぞよろしくお願い申し上げます。