moritaK 様
いつも EmEditor Professional をお使いいただき、誠にありがとうございます。
EmEditor 本体では未定義でも、プラグインで Ctrl+Shift+S が定義されているため、このような現象が発生していると考えられます。わかりにくくて申し訳ありませんが、本体とプラグインは別の設計になっているため、本体で未定義であってもプラグインでそのショートカット キーを使用している可能性はあります。この場合スニペット プラグインの各スニペット (項目) でキーが定義されているものと思われます。どのスニペットで使用されているかわからないのですが、スニペット ツリーのすべてのフォルダを開いてみると、どこかに (Ctrl+Shift+S) を書かれているはずです。もし、自分でスニペットを定義されたことがない場合は、古い可能性もあるので、スニペット ツリー上で右クリックを行って表示されるメニューから、インポート/エクスポート – すべてリセット を選択していただくと、スニペット ツリーが既定のものにすべてリセットされます。そうすると、Ctrl+Shift+S が無くなるかと思います。大変お手数ですがご確認いただけると幸いでございます。
他にも何かご質問がございましたらご遠慮なくご連絡ください。
今後もどうぞよろしくお願い申し上げます。