Windows2000SP4で試してみましたが，発生しませんでした．
タブモードです．
[手順1]タスクトレイのEmEditorを終了
1. メディアなしでカードリーダを挿す
2. HDD内のテキストファイルをEmEditorで開く(OK)
3. EmEditorを終了させる
4. メディアをカードリーダに挿す
5. メディア内のテキストファイルをEmEditorで開く(OK)
6. カードリーダをWindowsから抜く
7. HDD内のテキストファイルをEmEditorで開く(OK)
[手順2]タスクトレイのEmEditorを終了
1. メディアなしでカードリーダを挿す
2. HDD内のテキストファイルをEmEditorで開く(OK)
3. EmEditorを閉じずに，メディアをカードリーダに挿す
4. メディア内のテキストファイルをEmEditorで開く(OK)
5. 4で開いたファイルだけを閉じる
5. メディアをExplorerの「取り出し」で抜いた後，物理的に取り外す
6. HDD内のテキストファイルをEmEditorで開く(OK)
バックアップフォルダは，HDD内にしています．
ごみ箱フォルダは，各ドライブごとに作られると思うので，何かしらまずい気がします．
「設定のプロパティ」の「バックアップフォルダ」でファイルダイアログを出すと，同じようなメッセージが出ました．
ひとまず，バックアップや自動保存のフォルダをHDD内にするといいのかもしれません．
あまり役に立たないかもしれませんが，情報まで．