これって、不具合というよりは「仕様」ではないでしょうか?
カーソルキャレットは、ウィンドウズ全体で一つしか表示できません.
フォーカスの当たっている領域にしか表示されませんから、
例えばヘルプを表示しただけで、キャレットは消えてしまいます.
編集領域がフォーカスを失っても、キャレットが表示されなくなるだけで、
決して「カーソル行」でなくなるという訳ではありません.
フォーカスが戻ってくれば(再びアクティブになれば)、また元の位置にキャレットが表示されます.
フォーカスを失っただけで背景色が戻ってしまうと、
複数のファイルを別個のウィンドウで編集している場合には、逆に不都合が出る事も考えられます.