Takuyaです。
二つめの話は、「メインメニュー」をカスタマイズして全てのコマンドと同じにするという意味です。
「ツール→メニューの変更→メインメニュー」でファイル(&F)や編集(&E)のドロップダウンリストを変更することが出来ますね。
メインメニューのファイル(&F)に全てのコマンドのファイルから一つずつ追加していくといいですよ。
『すべてのコマンド』が『メインメニュー』と別に定義されている理由は僕にはわかりません。それはエムソフトさまのご意向なので。。。
もし要望を出されるとしたら『「メインメニュー」と「全てのコマンド」で表示される内容が違うので、同じにして欲しい』という要望になるのかな。
ここから先は余談です。
カスタマイズ性がウリのSleipnirなどでもすべてのコマンドがメインメニューに最初から表示されることはないので。特にEmEditorに限ったことではないと思います。省略されてるとメニューではないというのは少し違和感がします。省略されてて当たりまえだと僕は思うけどなぁ。
Excel2002の様に使わないメニューが自動で隠れてて、クリックしたら全て表示されるようなものをイメージされてるのかしら。（僕はExcelの全て表示は個人的には好きではありません。とくにShift＋編集クリックやShift＋右クリックでコマンド一覧が変わるところ）