Yutakaさんは書きました：
ご利用の EmEditor のバージョンはいくつでしょうか? こちらでは再現できませんでした。
「EmEditor Professional x64 Edition Version 8.06」です。
自分のところでやった確認手順としましては、
１．改行の少ない、長いテキスト文を表示
２．カーソルを20行目とか下のほうへ移動
３．Alt+Enterでプロパティを開き、「指定文字数で折り返し」を選択
４．普通行の文字数に30を指定して、Enter
５．カーソル位置を確認※
６．再度Alt+Enterでプロパティを開き、今度は文字数20を指定してEnter
７．カーソル位置を確認（※の場所とズレているのを確認）
といった感じです。
これで、折り返し文字数を変更する前と同じ行数にカーソルが動きます。
（折り返し文字数変わっているのに行数が同じなので、カーソル位置が動いてしまいます）
ちなみに、「ウィンドウの右端で折り返し」から「指定文字数で折り返し」へ変更するとき（とその逆）は、カーソル位置は変わりません。どうやら指定文字数のときだけ起こるようです。