emeddlgt.dll は、EmEditorに同梱されているファイルで、壊れてしまう原因としては、ダウンロード時にファイルが壊れてしまうということが考えられます。ファイルをダウンロードした後、インストーラーのデジタル署名が正しいかどうかを確認することをおすすめします。詳しくは、 http://jp.emeditor.com/modules/download2/rewrite/tc_2.html を参照してください。
でも、この場合、9.11と9.12の両方のバージョンで発生するということ、Ctrl+Fの検索ダイアログは問題ないことから、ファイルが壊れている可能性は低く、他の原因だと予想されます。ネットワーク関係のフォルダや、特殊なドライブなど、何かお使いの PC に固有の問題の可能性があります。他の PC では問題ないでしょうか? 何かお使いの PC で、特殊なネットワークやドライブを使用していないでしょうか? あるいは、デスクトップ上などで壊れたショートカットが原因の可能性もありえます。
エクスプローラ プラグインは問題なく動作するでしょうか? 以前、ウイルス バスター 2009 を使用していると、異常終了するという問題がありました。 http://jp.emeditor.com/modules/news/article.php?storyid=79
似たような現象の可能性もあるので、もしアンチ ウィルス ソフトウェアをお使いでしたら、一時的に無効にして試していただけると幸いです。
よろしくお願いします。