自己レスです。
>ワークスペースのファイル情報を引き継ぐようにはなりませんか。
ですが、それぞれのワークスペースを開いて、新規のプロジェクトを作成します。
そして、ファイル名順に、それぞれのファイルを「アクティブ」にして、「アクティブなファイルを追加」を実行しますと、プロジェクトファイルに収納できました。
開いているワークスペース全体の場合は、「全てのファイルを追加」が使えますよ。
ですので、
１）ワークファイルを開く、
２）新規プロジェクトを作成し、
３）全てのファイルを追加
すれば、良いのです。
>XMLファイルを直接変更しても、追従するようにしてほしいです。
ですが、ファイルの順番をファイル名順に作成すれば、取り込んでくれるようです。
ただ、作成したXMLファイル名をエクスプローラーなどでリネームすると、Emeditorを開いた時に、エラーとなるので、プロジェクトの保存場所を初期値として、指定したいですね。
又は、自動的に、全ての、プロジェクトファイルを読み込むとか。
結構、使いやすそうですので、改善に期待したいです。