[takuya]

rubyで書くなら、マクロもRubyで書いちゃって、関数コメントはerbやRdocで書いちゃえばいいのでは？

EmEditorのマクロはRubyも使えますよ。

あと、Doxygenを使うのであれば、、外部コマンドとして連携し、ソースコードを直接書き直せば出来るかと思いますが。。。