moritaK 様
いつも EmEditor Professional をお使いいただき、誠にありがとうございます。
詳細がわからなかったので、推測して書かせていただきましたが、巨大ファイルや CSV ファイル、比較の機能を使用していると、折り返し状態が「折り返し無し」に自動的に変更されることがあります。
そのような機能を使っていない場合は、通常、ご自分で「折り返し無し」に変更しない限り、自動的に変更されることはありません。
同じ設定 (たとえば Text という設定) で 2 つ以上のファイルを開いている場合、1 つのファイルで折り返し方法を変更すると、別のファイルも自動的に折り返し方法が変更されるようになっています。しかし、異なる設定で使用されていれば、片方の折り返し方法が別の設定の折り返し方法まで変わるということはありません。
もし問題が再現する場合には、できるだけ詳細な再現方法を書いていただけると幸いです。
どうぞよろしくお願い申し上げます。