かなり以前の質問ですが…、
まずはEmEditorのオプションで
「正規表現が改行文字に一致することが出来る」にチェックを入れた上で、
以下の正規表現で上手く行かないでしょうか。
=009900]
検索する文字列：
^([^t]*t[^t]+?)(.*)n(2)([^n]*)
置き換え後の文字列：
●$1$2n●$3$4
解説：
^
#行頭から始まる
[^t]*t[^t]+?
#「タブ以外の文字列」＋「タブ」＋「タブ以外の文字列」という並びと
# （ここをカッコでキャプチャしておき）
.*
# 残りの文字列があり（ここまでが１行目）
n
# 改行で２行目へ
(2)
# 前の行でキャプチャしていた内容と同一の文字列があればヒットする
([^n]*)
# 置き換えのため２行目の残りの文字列もキャプチャしておく（改行を除くすべての文字）
↓↓
●$1$2n●$3$4
# １行目の内容が $1 と $2 に
# ２行目の内容が $3 と $4 に入っているので、
# ●と改行を付け足して置き換えしています