[naya]

nayaといいます。

Ctrl+Yの処理対象は「選択している行」ではなく「キャレットがある行」
だと理解しています。
行選択（＝改行も含む）するとキャレットは次の行に遷移しますので、
そういう仕様ではないですかね？

EmEditor上で↓の1:の行を選択すると、2:の前がチカチカしますが。

1:include(“example.php”);
2:include(“hoge.php”);
3:

# ご要望？を否定するつもりはありません