マクロで10万個のタブ作ってテストしてみました。選択範囲をTABから空白に変換コマンドなら１秒ほどで出来ました。
WindowsXp Pro, Mem 768MB Mobile Pentium4 2.4GHzです。
[文書全体のタブを空白に変換] コマンド じゃだめなの？保存時に、TABを空白にするオプションとか。
正規表現のチェックを外し、エスケープシーケンスにチェック入れた状態の方が、置換は可能で早かったです。遅いのであれば、正規表現以外の手も考えてみてはいかがでしょうか。EmEditorのマクロでScriptエンジンの正規表現使っても良いでしょうし。EmEditorにはいろいろ手法があると思います。置換がたくさんあるのなら、スクリプト作った方が楽ちんかも。
ダイアログを使った大量の正規表現の置換が遅いといえば、確かに遅いですね。３０秒以上かかって(応答無し)になってしまった。