[chobie]

カスタマイズ（高度）の「文章間でプロセスを共有しない」にチェックを入れると別ユーザーのプロセスとして起動することはできます。
（ただ、この為だけにプロセス共有を無効にするのはナンセンスですよね）

因みにrunasで別ユーザーとして起動した場合も同様です。

管理者権限が必要なファイルを編集するたびにEmEditorを閉じるのもアレですし、かといってその為だけに管理者権限でnotepadを起動するのもナンなのでEmEditor側で対応していただけると助かります。