開発お疲れ様です。
VistaUltimate SP1の方では、やはり不具合が発生したので、以下の対応を行いました。
※カスタマイズ ダイアログ の [検索] タブで、[正規表現で検索する追加行数] は 「0」でした。
1.EmEditor v8.01 アンインストール（ユーザー設定残し）
2.EmEditor v8.01 再インストール
3.正規表現検索の実行 -> 不具合再現
4.EmEditor v8.01 アンインストール（ユーザー設定も削除）
5.EmEditor v8.01 インストール
6.正規表現検索の実行 -> OK
ユーザー情報がおかしくなっていたのかも知れません。
現在はVistaUltimateSP1でも問題なく使えるようになりました。
この度は大変お手数をお掛けいたしました。